Efter att Mamlukerna störtat den Ayyubidiska dynastin 1250, kom dess första stora Sultan, Baybars al-Bunduq-Dari (1260-77), att avgränsa al-Kamils palats från resten av citadellområdet genom att konstruera en inre mur som delade fästningen i två separata delar som förenade genom en inre port, Bab al-Qullah.
Norra området innehöll förläggningar för sultanens armé, samt kontorsbyggnader som vid sidan av hans privata kansli, ansvarade för att sköta de offentliga finanserna och administrativa handlingar och dokument. Alla offentliga portar in i fästningen ledde upp mot denna del av fästningen, där besökare efter nogrann kontroll, kunde passera genom Bab al-Qullah. Under en-Nasir Muhammads olika regeringsperioder (1294-95, 1299-1309, 1310-41), blev de flesta äldre byggnaderna i södra delen av området rivna och ersatta med betydligt mer storstilade byggnader, vilket bättre skulle återspegla det Mamlukska Sultanatets makt. Den enda byggnad innom detta nya Mamlukomplex som finns kvar, är en-Nasir Muhammad Moskén , som påbörjades 1318, för att äntligen stå färdig 1335, vid sidan av Bab al Qullah. Moskén är en En av de vackraste arkadprydda moskéerna som finns i Kairo. Detta är också den enda Mamlukbyggnad inom Citadellet som överlevt mer eller mindre intakt till våra dagar. Dess innergård är omgiven av en rad eleganta pelare som stöttar rader av dubbla valv dekore med ett helt ”museum” av återanvända faraoniska och romerska pelare som hämtats från tidigare byggnader runt om i Kairo.
De 5 meter höga väggarna var ursprungligen dekorerad med marmor men denna togs bort från väggarna 1517 i efterdyningarna av den Ottomanska erövringen av Egypten. De två minareterna har övre paviljonger dekorerade med kakelplattor – en Persisk dekorationsteknik som fick ett kort mode i Kairo efter det att An-Nasir Muhammed slöt fred med Mongolhärskarna i Iran som skickade honom en stenarbetare från Tabriz för att arbeta i hans tjänst.
Väster om moskén låg den stora Rätts-salen, där sultanen höll audience för allmänheten två gånger i veckan. Den var krönt med en stor grön kupol, som reste sig högt över alla andra byggnader inom citadellets södra område. Bredvid Rätts-salen låg Qasr al-Ablaq (Det Randiga Palatset), med en dekorer av varvade svarta och gula marmorstenar. Det randiga Palatset användes för officiella ceremonier och för rikets styre. Byggd delvis på en artificiellt uppbyggd platå som rests upp mot den västra sidan av Citadell kullen vildade den nästan ovan Midan ar-Rumaylah, och hade ett invändig trappa som ledder ned till de Kungliga Stallarna, där en-Nasir höll alla sina 4800 hästar.
